El edificio del colegio que parte de una esbelta torre frente a un costado del Colegio de San Nicolás, único vestigio del templo original, y que termina en una balaustrada que se sigue hasta la otra esquina frente al jardín de las Rosas la cual corresponde, a la antigua casa de ejercicios y capilla doméstica de los jesuitas. Su interior, esta conformado por un bello y enorme patio, en forma de cuadrado con corredores abiertos en el primer piso y cerrado con muros con ventanas en el segundo piso. Protegida por una exquisita cúpula al lado sur del edificio posee una monumental escalera, probablemente una de las bellas y refinadas de la ciudad, afeado en la actualidad por el mal gusto y un mural infame realizado durante el gobierno priísta de Tinoco Rubí.
Luego de la expulsión de la compañía de Jesús de todas las posesiones españolas en el año de 1767, el edificio fue entregado al clero secular que lo siguió empleando como colegio. Después de la Independencia, posterior a 1821, fue ocupado por el Tribunal de Justicia y sesionaba en él el Congreso del Estado. Durante la invasión francesa y el Segundo Imperio, se le designó como cuartel y depósito de municiones. Posteriormente dio albergue al Colegio de San Nicolás. Otra de sus funciones durante la revolución mexicana fue Escuela de artes y oficios. En 1970, debido al deterioro evidente e innegable que presentaba, fue desalojada la escuela y el taller de fundición instalado en la parte norte, iniciándose los trabajos de restauración recibiendo el nombre actual de Palacio Clavijero en homenaje del jesuita Francisco Javier Clavijero quien en una época fuera catedrático del colegio. Por su parte, la iglesia de la compañía, fue habilitada como Biblioteca Pública.
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